Biologische bedrijfsvoering verschilt op veel vlakken van de gangbare veehouderij. Niet alleen worden er geen kunstmest en chemische gewasbeschermingsmiddelen gebruikt, ook zijn er verschillen in huisvesting en antibioticagebruik, is weidegang verplicht, wordt er gemiddeld genomen minder mais en krachtvoer gevoerd, en zijn biologische bedrijven extensiever. Deze verschillen in bedrijfsvoering leiden tot verschillen in het microbiële leven – het microbioom – in de koe, maar wat precies welke verschuiving veroorzaakt, is onbekend. In een project gefinancierd door de IONA Stichting is getracht hier meer licht op te werpen.