Multifunctionele landbouwers moeten opletten bij belastingzaken. Sommige multifunctionele boeren en tuinders lopen het risico op een BTW-correctie. Terwijl een boer voor zijn landbouwactiviteiten kiest voor een vrijstelling van BTW of voor het afdragen van BTW, kan hij voor zijn multifunctionele activiteiten niet kiezen.
De BTW verdient bij multifunctionele ondernemers extra veel aandacht. Alleen voor een landbouwbedrijf mag een ondernemer kiezen of hij wel of geen gebruik maakt van de landbouwregeling en daarmee BTW afdraagt of niet. Voor bijna alle niet-agrarische takken kunnen boeren niet zelf kiezen. Hier bepaalt de wetgever of prestaties belast of vrijgesteld zijn voor de BTW en welk BTW-tarief geldt.
Dat heeft onder andere gevolgen voor het wel of niet kunnen terugvragen van de BTW op investeringen die de multifunctionele boer doet. Bijvoorbeeld zorg, kinderopvang en natuurbeheer zijn vrijgesteld van BTW. Bij deze takken hoeven ondernemers dus geen BTW af te dragen, maar kan ook geen BTW teruggevraagd worden over gedane investeringen. Bij weer andere takken, zoals de verkoop van streekproducten of boerderijeducatie, is de boer juist verplicht om BTW in rekening te brengen. En kan ook de BTW over gedane investeringen, bijvoorbeeld de verbouw van een winkelruimte, worden teruggevraagd van de fiscus.
Een ander voorbeeld waar multifunctionele ondernemers rekening mee moeten houden, is de landbouwvrijstelling. De landbouwvrijstelling zorgt dat de waardestijging van landbouwgrond niet wordt belast. Maar: de waardestijging is wel belast als deze stijging is ontstaan doordat de gronden niet-agrarisch worden gebruikt, ook voor de ondergrond van een gebouw. Bijvoorbeeld als de multifunctionele ondernemer een partycentrum bouwt in plaats van een koeienstal. Zolang er sprake is van één onderneming met twee takken die verbonden zijn, zal er nog geen directe belastingheffing plaatsvinden. Maar dat kan veranderen, bijvoorbeeld bij het afsplitsen van een multifunctionele tak in een aparte onderneming.
 
Andersom zijn er aftrekposten waar ook multifunctionele ondernemers baat bij kunnen hebben, zoals de Energie Investerings Aftrek of de Milieu Investerings Aftrek.
De brochure 'Multifunctionele ondernemers en de fiscus'  geeft multifunctionele agrarische ondernemers en hun financieel adviseurs een overzicht van de fiscale aspecten van een multifunctioneel landbouwbedrijf.